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Federica Borgogni - Università degli Studi di Firenze - [2005-06]

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Tesi completa: 109 pagine

L'analisi molecolare (fingerprinting genetico) relativa al pool di DNA totale nel suolo ottenuto tramite estrazione con bead beating e tampone alcalino (Na2HPO4, pH 8; BIO 101), dà una visione d'insieme sulla composizione delle comunità microbiche edafiche sia batteriche che fungine. Il DNA totale risulta composto da una frazione intra ed extracellulare; quest'ultimo è poi suddiviso in due frazioni caratterizzate da valori di mobilità differenti in relazione alla forza delle interazioni che instaurano con i componenti del suolo. Le frazioni di DNA extracellulare più e meno mobili sono state ottenute sottoponendo i campioni di suolo ad estrazioni sequenziali con H2O e tampone alcalino (Na2HPO4, pH 8), rispettivamente. Il DNA intracellulare è stato successivamente ottenuto sottoponendo i campioni a bead beating e trattamento con tampone alcalino (Na2HPO4, pH 8; BIO 101). Dal confronto dei fingerprinting molecolari (DGGE) delle differenti aliquote di DNA extra ed intracellulare dovrebbe essere possibile ottenere informazioni di maggior dettaglio sulla comunità microbica del suolo. Un tale innovativo approccio è stato applicato per la prima volta allo studio delle comunità microbiche del suolo sotto Pinus nigra e sotto Abies alba nella foresta di Vallombrosa. Dalla caratterizzazione delle differenti componenti del DNA del suolo quella extracellulare estratta con H2O ha evidenziato dimensioni molecolari inferiori rispetto alle altre frazioni indice di una probabile maggior degradazione batterica ed enzimatica. Tale frazione, la più mobile nel suolo, è quella più disponibile per il trasferimento genetico per trasformazione. La componente extracellulare del DNA estratto dal suolo è risultata inferiore a quella intracellulare. I dati di fingerprinting genetico (DGGE) oltre a confermare l'effetto della copertura vegetale sulla composizione della comunità microbica del suolo, hanno evidenziato la presenza di caratteristiche sequenze sia batteriche (16S rDNA) che fungine (18s rDNA) in ogni frazione di DNA analizzata.